Las causas intermedias de la pérdida de biodiversidad se deben a una serie de factores que incluyen patrones de propiedad de la tierra y la baja productividad agrícola de pequeñas parcelas, una falta generalizada de información y conocimientos referentes a la biodiversidad a escala regional, preparación y conciencia pública insuficientes en relación con la importancia y el valor que tiene la biodiversidad para el desarrollo económico y las causas que originan su pérdida; acceso limitado a recursos financieros por parte de los grupos de conservación, de las instituciones relevantes del sector público y de los pequeños propietarios; legislaciones y políticas para la conservación y uso sostenible de recursos naturales deficientes; falta de mecanismos de incentivos apropiados para que las grandes empresas comerciales resguarden la biodiversidad (como las plantaciones de plátano y piña, huertos de cítricos o ranchos ganaderos); y falta de capacidad institucional para planificar, monitorear o administrar programas para la conservación y uso sostenible de la biodiversidad y otros recursos naturales.
Las causas fundamentales de la pérdida acelerada de la biodiversidad en Mesoamérica, se derivan de la elevada proporción de la población que vive en áreas rurales, muchas veces en condiciones de pobreza o extrema pobreza; de la elevada tasa de crecimiento de la población y del lento avance del desarrollo económico. En ausencia de un crecimiento económico sostenido, se puede esperar que la pobreza rural continúe ejerciendo una gran presión sobre los recursos naturales, con mayor expansión de la frontera agrícola, presiones de extracción no sostenible sobre las áreas protegidas débilmente resguardadas y la creciente fragmentación de los hábitats naturales que aún existen.
